Ngữ hệ Eskimo-Aleut không có bất cứ quan hệ di truyền nào với các họ ngôn ngữ được công nhận trên thế giới hiện nay. Có một sự công nhận chung rằng ngữ hệ này không liên quan mật thiết với các ngữ hệ khác của Bắc Mỹ. Đã có những lời đề xuất đáng tin cậy về mối quan hệ bên ngoài của ngữ hệ Eskimo-Aleut với một hoặc nhiều ngữ hệ của miền bắc lục địa Á-Âu, chẳng hạn nhóm Chukchi-Kamchatka ở bên kia eo biển Bering. Một trong số những lời đề xuất đầu tiên thuộc dạng này là lời đề xuất của nhà ngôn ngữ học tiên phong người Đan Mạch là Rasmus Rask vào năm 1818, sau khi ông nhận thấy sự tương đồng giữa tiếng Greenland và tiếng Phần Lan. Có lẽ rằng một trong những đề xuất hoàn chỉnh nhất tính đến nay là giả thuyết của Michael Fortescue về ngữ hệ Ural-Siberia, được xuất bản vào năm 1998. Gần đây hơn có nghiên cứu của Joseph Greenberg đề xuất ghép ngữ hệ Eskimo-Aleut và tất cả các ngữ hệ ở bắc lục địa Á-Âu - trừ ngữ hệ Enisei - thành một ngữ hệ mới gọi là ngữ hệ Á-Âu. Hiện chưa có sự công nhận rộng rãi đối với những đề xuất này.

Vào thập niên 1960, Morris Swadesh gợi ý rằng có một mối liên hệ giữa ngữ hệ Eskimo-Aleut với ngữ hệ Wakash. Holst (2005) đã tiếp thu và mở rộng vấn đề này.[3]